市はこのほど、「壱岐市行財政改革『新』定員適正化計画（平成25年度～29年度）」を発表し、平成30年４月１日時点の職員数を４００人以下にすることを盛り込んだ。
市職員の定員管理は、国の指針に基づいた集中改革プラン（平成17～22年度）を「第１次定員適正化計画」と位置付け、それよりもさらに高度の目標設定を掲げた「第２次定員適正化計画（平成17～23年度）」により、職員数６５４人を１００人削減する計画を立て、24年４月１日時点で職員数５４６人と目標をを達成した。
新定員適正化計画は、本庁一本化や支所機能の見直しなどが検討されていく中で、業務の集約化などを図ることにより職員数の適正な管理と人員配置を考察。年齢構成の平準化を図りつつ、計画的・段階的に職員数を削減するため、基本的に退職予定者の７割程度を新規採用する。また「正規職員が直接携わらなければならない業務」以外の業務・職種については、アウトソーシングも視野に入れ、原則として退職不補充とする。市民病院については、長崎県病院企業団への加入を想定し、関係職種から職員数の減員を行う、などと定めた。
この定員適正化計画で、平成29年度末までに、事務職員13人減、技術職員１２０人減、技労職（調理員）２人減、消防吏員３人減で、計１３８人の削減を予定している。ただしこのうち１２５人は市民病院の県病院企業団加入に伴う減員であり、実質的な削減は13人となっている。